Un investigador argentino publica un libro sobre Python aplicado a la bioinformática

Sebastian Bassi, investigador perteneciente a la Universidad Nacional de Quilmes (Argentina), ha publicado un libro sobre las aplicaciones de Python en bioinformática. El mismo lleva el nombre de Python for bioinformatics y se basa en la experiencia laboral del autor mientras trabajaba para la empresa de agrobiotecnología Advanta.

El libro no requiere de conocimientos previos de programación y apunta a que los científicos comprendan los conceptos básicos que se necesitan para resolver problemas biológicos. El autor hace especial enfásis en la práctica, incluyendo ejemplos biológicos y fragmentos de código, y alentando a los lectores a que experimenten con el código.

Python for bioinformatics comienza con una introducción muy básica que enseña los principios de la programación. Luego presenta el paquete Biopython, que puede ser útil para resolver problemas biológicos. La siguiente sección cubre sofisticadas herramientas para bioinformática, incluyendo sistemas de gestión de bases de datos relacionales y XML. La última parte muestra ejemplos de aplicaciones con código fuente, tales como manipulación de secuencias, filtrado de contaminación en vectores, cálculo de la temperatura de melting del ADN, análisis un archivo de genbank, inferencia de sitios de corte y empalme, y más.

Bassi se desempeñó durante cinco años en la empresa Advanta, como bioinformático y curador de Bases de Datos. Actualmente es asesor externo de Genes Digitales donde ha participado del desarollo de una distribución de linux orientada a la bioinformática, DNA Linux.

Aquí se puede adquirir el libro: crcpress.com

 

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