Tutorial de Pubmed

Por Germán González

El sistema de búsqueda PubMed es un proyecto desarrollado por el National Center for Biotechnology Information (NCBI) en la National Library of Medicine (NLM). Permite el acceso a bases de datos bibliográficas compiladas por la NLM:

MEDLINE es la base de datos más importante de la NLM abarcando los campos de la medicina, oncología, enfermería, odontología, veterinaria, salud pública y ciencia preclínicas. Actualmente contiene más de 15 millones de referencias bibliográficas de artículos de revistas biomédicas desde el año 1950 hasta la actualidad.

Búsqueda en PubMed

Para iniciar la búsqueda en PubMed, se debe introducir los términos en el formulario de búsqueda y hacer clic con el mouse sobre el botón “Go” o pulsar la tecla “Enter”. A continuación aparecerá el resultado de la búsqueda con el listado de referencias de los artículos que tienen en alguna parte de los campos de su registro el término consultado.

Aparecen las referencias con los autores, el título del artículo, la revista con número, año de publicación y páginas, el número de identificación de PubMed (PMID, PubMed unique identifier).

Utilización de los operadores booleanos

Para realizar una búsqueda más efectiva, podemos utilizar los operadores booleanos que nos permiten combinar, sumar o excluir términos.

AND, nos mostrará aquellas citas que contengan ambos términos.
OR, recuperará las citas que contengan los dos términos, o por lo menos uno.
NOT, excluye las citas que contengan el término.

PubMed procesa los operadores booleanos de izquierda a derecha. Esto se puede cambiar utilizando paréntesis ej.: Cancer AND (drug therapy OR drug resistance).

Si lo que deseamos es buscar término compuesto o una frase, debemos escribirla entre comillas (ej. “gene expression”). Los términos de búsqueda no importa que se escriban en mayúscula, en minúscula, con o sin espacio en blanco intercalado.

Truncado de términos

El truncado permite recuperar todos los términos que poseen la misma raíz. Si colocamos un asterisco (*) al final de un término de búsqueda, PubMed busca en todas aquellas palabras que tengan la misma cadena de letras como raíz. Así, si escribimos neurol* se incluye en la búsqueda los términos neurology; neuroleptic; neurolekin; neurologic etc. PubMed usa las primeras variantes del término truncado. No localiza frases, por ejemplo “infection*” incluye “infections,” pero no “infection control.”

Calificadores de campo

Los calificadores de campo limitarán el término de búsqueda a un campo específico. Para emplearlos se escribe el término de búsqueda seguido de la abreviatura del campo entre corchetes.

Nombre del campo Abreviatura Descripción
 

Affiliation – Dirección

[AD, AFFL] Dirección y afiliación institucional del primer autor y número de ayuda económica.
All Fields – Todos los campos [ALL] Incluye todos los campos de búsqueda de PubMed.
 

 

Author Name – Autores

[AU, AUTH] Hasta 25 autores son incluidos. MEDLINE no muestra el nombre completo. El formato para buscar un autor es Apellido, seguido de espacio y la/s primeras iniciales sin puntos (ej., Fauci AS). Se pueden omitir las iniciales al buscar. 

 

 

 

E.C./RN

[RN, ECNO] Número asignado por la Comisión de Enzimas (E.C.). Número para designar una enzima en particular y el listado RN del Chemical Abstracts Service (CAS) Registry Numbers. 

 

Entrez Date -Fecha de ingreso [EDAT] Contiene la fecha que la cita fue agregada a PubMed, en el formato aaaa/mm/dd [edat], ej., 1998/01/10 [edat].
 

Issue – Edición

 

[IP, ISSUE]

El número de edición de la revista en la cual el artículo es publicado. 

 

Journal Name – Nombre de la 

publicación

[TA, JOUR] La abreviatura del título de la revista, el título completo o el número ISSN (ej., J Biol Chem, Journal of Biological Chemistry, 0021-9258).
Language – Idioma [LA, LANG] El idioma en el cual el artículo fue publicado.

MeSH Major Topic – MeSH tópico principal

[MAJR] Un término MeSH que es uno de los temas principales tratados en el artículo.
 

MeSH Terms – Términos MeSH

[MH,MESH] El vocabulario controlado de la NLM’s (Medical Subject Headings) sobre términos biomédicos que se usan para describir cada artículo de una revista científica en MEDLINE.
Page – Página [PG, PAGE] El número de la primera hoja del artículo en la revista en que aparece.
Personal Name – Nombre personal [PS] Use para buscar citas sobre un individuo como tema. Utilice las reglas como para buscar un autor.
 

Publication Date – Fecha de publicación

[DP, PDAT] La fecha en que el artículo fue publicado en el formato aaaa/mm/dd (ej. 1984/10/06). Un año con solo un mes (ej., 1984/03) mostrará todo lo de ese mes. Las fechas de publicación no están estandarizadas entre las publicaciones.
Publication Type – Tipo de publicación [PT, PTYP] Describe el tipo de material que el artículo representa (ej., Review, Clinical Trials, Retracted Publications, Letters).
Subheading – Subencabezado [SH] Use subencabezados para calificar en forma más específica la búsqueda en términos MeSH.
 

Subset – Subgrupos

[SB] Permite elegir sobre que componente de la base de datos queremos buscar: MEDLINE, preMEDLINE, publisher o aids.
Substance Name – Nombre de sustancia [NM, SUBS] El nombre de una sustancia química tratada en el artículo 

(MEDLINE Name of Substance field).

 

Text Words – Palabras del texto

[TW, WORD] Todas las palabras de los campos del título, resumen, términos MeSH, subencabezados, nombres de substancias químicas, nombre de persona como tema y campos de identificación secundaria.
Title Words – Palabras del título [TI, TITL] Palabras encontradas en el título de un artículo.
Volume – Volumen [VI, VOL] El número del volumen de la publicación donde el artículo es publicado.
PubMed Identifier (PMID) & MEDLINE Unique Identifier (UI) 

 

Para buscar el PMID o UI solo ingrese e los o los numeros 

correspondientes que PubMed los unira automáticamente

Limits

En la sección limits podemos acotar la búsqueda que estamos realizando según diferentes parámetros

Selección de campos

Con esta opción podemos limitar la búsqueda a un campo específico

All Fields (“todos los campos”), localiza el término de búsqueda en cualquier parte del registro;

Author name, solo en el campo autor;

Journal name, solo en el de la revista etc.

Tipos de Publicación

Se puede restringir la búsqueda mediante el tipo de publicación en la cual deseamos buscar:

Clinical Trial

Editorial

Letter

Meta-Analysis

Practice Guideline

Randomized Controlled Trial

Review

Idiomas

Al seleccionar el menú desplegable “languages” podremos elegir alguna de las siguientes opciones:

All (todos los leguajes)

English

French

German

Italian

Japanese

Russian

Spanish

Edades:

Para seleccionar un grupo de edad específico en los estudios humanos, selecciónelo desde el menú desplegable:

All Infant nacimiento-23 meses

All Child: 0-18 años

All Adult:19+ años

Newborn: nacimiento-1mes

Infant: 1-23 meses

Preschool Child: 2-5 años

Child: 6-12 años

Adolescent: 13-18 años

Adult: 19-44 años

Middle Aged: 45-64 años

Aged: +65 años

80 and over: +80 años

Humano o Animal

Permite la selección del grupo en estudio. Si no selecciona ninguno, PubMed no establecerá límite por este criterio.

Sexo

Puede limitar los estudios humanos por sexo (mujer o varón). Si no se selecciona, no se establecerá límite por géneros.

Subsets

En este menú podrá restringir la búsquedaa algunos de los ubtemas contenidos en PubMed.

AIDS : El filtro de búsqueda AIDS esta basado sobre la estrategia de búsqueda de la base de datos AIDSLINE.

AIM (Abridged Index Medicus) es una selección de 120 revistas del Index Medicus en inglés, su finalidad es limitar la búsqueda a un reducido grupo de revistas relevantes para la practica médica.

Dental: Limitará la búsqueda a aproximadamente 420 títulos de revistas incluidas en el Index to Dental Literature.

Nursing: limitará la busqueda a unos 330 títulos de revistas de enfermería incluidas en el International Nursing Index.

PreMEDLINE: Las referencias bibliográficas suministradas de forma electrónica por los editores, constituyen las referencias que aparecen identificadas como [Record as supplied by publisher], posteriormente se convierten rápidamente en registrosPreMEDLINE, se identifican con la etiqueta [MEDLINE record in process]

Publisher PubRef: Permite expandir el acceso a una mayor cantidad de publicaciones científicas de otras materias, resúmenes de contenidos de libros (books) disponibles en la NCBI, enlaces a páginas Web y artículos a texto completo.

Si lo deseamos, podemos escribir directamente en el formulario de búsqueda y combinar el término de búsqueda con las abreviaturas de cada una de estas subbases:

Abridged Index Medicus: jsubseta

Odontología: jsubsetd

Enfermería: jsubsetn

Ejemplo: “tuberculosis pulmonary” AND jsubseta recuperará artículos exclusivamente en las revistas indizadas en el Abriged Index Medicus.

Fechas

PubMed contiene citas desde 1966 hasta la actualidad. Entrez Date es la fecha en que la cita fue incorporada a PubMed.

Publication Date es la fecha en que el artículo fue publicado.

Usar Entrez Date para limitar la búsqueda desde 30 días a 10 años.

Usar Publication Date según un rango de fechas que deben ser escritas de la siguiente forma: AAAA/MM/DD; el mes y día son opcionales, ej.: 1999/06/18 ó 1999/11.

Citas con Abstracts/Resúmenes:

Para la búsqueda exclusiva de artículos que contengan resúmenes desde Limits deberá seleccionar la opción only items with abstracts

 

Servicios de PubMed (PUBMED SERVICES)

MeSH Database

El Medical Subject Headings (Descriptores de Ciencias de la Salud) es un vocabulario controlado de términos biomédicos que identifican el contenido de cada artículo en la base de datos MEDLINE. El MeSH contiene unos 19000 términos que son revisados anualmente y reflejan los cambios en la práctica médica y en la terminología.

La búsqueda en el MeSH Database permite mostrar términos MeSH en una estructura jerárquica, seleccionar los términos MeSH para la búsqueda, limitar los términos MeSH a un concepto mayor (tópico principal). Los descriptores MeSH pueden ser utilizados con subencabezamientos que indica aspectos específicos del descriptor.

Cuando introducimos un término que no es MeSH, el sistema nos lanzará un mensaje indicando el término MeSH aceptado.

Ej. Mongolism is not a MeSH term, but it is associated with the MeSH term Down Syndrome. A continuación ofrece una descripción del término y la posibilidad de incorporarlo a la búsqueda Add utilizando los operadores AND, OR, NOT. En la parte inferior de la página podemos ver la estructura jerárquica del término de búsqueda.

La opción de la consulta del MeSH también está disponioble desde Limits desde donde podemos limitar la búsqueda a la opción de MeSH (Date, Major Topics, Terms), pero debemos conocer el término MeSH aceptado, en caso contrario no lo localizará.

Si tenemos problemas para encontrar un término en inglés, una buena opción es consultar el MeSH en español de HONselect (http://www.hon.ch/HONselect/index_sp.html) de Lilacs. En HONselect escribimos el término en español, nos lo describe en inglés y nos visualiza la estructura jerárquica y su equivalente en inglés. También podemos consultar la estructura jerárquica (http://www.hon.ch/cgi-bin/HONselect_sp?cat+C) del MeSH en español.

Journal Database

Esta opción permite buscar las revistas indizadas en MEDLINE por diversos criterios: título, abreviatura del título o el ISSN (International Standard Serial Number) correspondiente.

Puede localizar las publicaciones por el nombre completo, ej., Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica; por la abreviatura internacional, ej. Enferm Infecc Microbiol Clin; o bien por su ISSN 0213-005X.

Single Citation Matcher

El Citation Matcher es un buscador de referencias que parte del nombre de la revista, volumen, edición, número de página y año de publicación. Debe introducir los datos conocidos de la referencia. PubMed le informará si no encuentra resultados.

Es una herramienta muy útil para localizar referencias bibliográficas incompletas, verificar datos o simplemente localizar una referencia.

Clinical Queries

Es un buscador especializado que tiene incorporados “filtros metodológicos” para búsquedas clínicas. Propone cuatro categorías: terapéutica (therapy) , diagnóstico (diagnosis) , etiología (etiology) y pronóstico (prognosis).

Pone énfasis sobre dos categorías: sensibilidad (sensitivity), este toma artículos relevantes y no tan relevantes y especificidad(specificity), es más precisa pero con menor cantidad de artículos. Estos filtros se basan sobre el artículo de Haynes RB, Wilczynski N, McKibbon KA, Walker CJ, Sinclair JC Developing optimal search strategies for detecting clinically sound studies in MEDLINE.J Am Med Inform Assoc 1994 Nov-Dec;1(6):447-58).

 

Bibliografía

Medline. PubMed

PubMed: Breve Tutorial

 

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