Curso de Análisis de secuencias en FIL

La Fundación Instituto Leloir organiza un curso denominado “Introduction to Bioinformatics: Sequence Analysis”. El mismo tendrá lugar entre los dias 16 y 18 de noviembre y será dictado por el Dr. Olivier Poch de la Universidad de Strasboug (Francia). El programa del curso es el siguiente: 1er día: Búsqueda en bases de datos de proteínas 9h-9h15 Bienvenida 9h15-12h […]

HMMER

Pblicado originalmente por CLC bio bajo licencia Creative Commons. Traducido por Germán González La búsqueda en bases de datos es ampliamente utilizada en bioinformática y hay un gran número de diferentes maneras de buscar en, por ejemplo, bases de datos de proteínas. Los algoritmos de alineamiento como BLAST [Altschul et al., 1990] ySmith-Waterman [Smith and Waterman, […]

Algoritmo Smith-Waterman

Por Germán González El algoritmo Smith-Waterman es un famoso algoritmo para realizar alineamientos locales de secuencias; esto es, determinar regiones similares entre dos secuencias de nucleótidos o proteínas. El algoritmo fue propuesto por Temple Smith y Michael Waterman en 1981. Como el algoritmo Needleman-Wunsch, del cual es una variación, Smith-Waterman es un algoritmo de programación dinámica. Como tal, […]

Algoritmo Needleman-Wunsch

Por Germán González El algoritmo Needleman-Wunsch realiza un alineamiento global de dos secuencias (aquí llamadas A y B). Es comúnmente usado en bioinformática para alinear secuencias de nucleótidos o proteínas. Fue propuesto en 1970 por Saul Needleman y Christian Wunsch en su paper A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence […]

Algoritmo Knuth–Morris–Pratt

El algoritmo para búsqueda de cadenas Knuth–Morris–Pratt (KMP) busca la aparición de una palabra P dentro de una “cadena de texto” principal C, empleando la simple observación de que cuando no sucede una coincidencia, la palabra misma contiene suficiente información para determinar cuando puede ocurrir la siguiente coincidencia, reexaminando caracteres previamente coincidentes. El algoritmo fue […]