International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms

Entre el 11 y 14 de febrero de 2013 tendrá lugar International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms en Barcelona, España.

Congreso Español de Metaheurísticas, Algoritmos Evolutivos y Bioinspirados

Del 7 al 10 de septiembre de 2010 se celebrará el VII Congreso Español de Metaheurísticas, Algoritmos Evolutivos y Bioinspirados (MAEB’10) en Valencia, España. En el mismo se realizará una sesión especial sobre “Aplicaciones a la Biología Computacional”. El congreso MAEB2010 se propone como un foro de encuentro, discusión y transferencia de conocimiento entre investigadores en […]

Algoritmo FASTA

Por Germán González El algoritmo FASTA es un método heurístico para comparación de cadenas. Fue desarrollado por Lipman y Pearson en 1985 y luego mejorado en 1988. FASTA compara una cadena de consulta con una cadena de un solo texto. Cuando buscamos en una base de datos entera coincidencias para una consulta dada, comparamos la consulta […]

HMMER

Pblicado originalmente por CLC bio bajo licencia Creative Commons. Traducido por Germán González La búsqueda en bases de datos es ampliamente utilizada en bioinformática y hay un gran número de diferentes maneras de buscar en, por ejemplo, bases de datos de proteínas. Los algoritmos de alineamiento como BLAST [Altschul et al., 1990] ySmith-Waterman [Smith and Waterman, […]

Algoritmo Smith-Waterman

Por Germán González El algoritmo Smith-Waterman es un famoso algoritmo para realizar alineamientos locales de secuencias; esto es, determinar regiones similares entre dos secuencias de nucleótidos o proteínas. El algoritmo fue propuesto por Temple Smith y Michael Waterman en 1981. Como el algoritmo Needleman-Wunsch, del cual es una variación, Smith-Waterman es un algoritmo de programación dinámica. Como tal, […]

Algoritmo BLAST

Por Germán González El algoritmo y el programa de computadora que lo implementa fueron desarrollados por: Stephen Altschul, Warren Gish, David Lipman en el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI, por sus siglas en inglés), Webb Millar en la Universidad estatal de Pennsylvania, y Gene Myers en la Universidad de Arizona. Existen implementaciones alternativas comoWU-BLAST y FSA-BLAST. El […]

Algoritmo Needleman-Wunsch

Por Germán González El algoritmo Needleman-Wunsch realiza un alineamiento global de dos secuencias (aquí llamadas A y B). Es comúnmente usado en bioinformática para alinear secuencias de nucleótidos o proteínas. Fue propuesto en 1970 por Saul Needleman y Christian Wunsch en su paper A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence […]