HMMER

Pblicado originalmente por CLC bio bajo licencia Creative Commons. Traducido por Germán González La búsqueda en bases de datos es ampliamente utilizada en bioinformática y hay un gran número de diferentes maneras de buscar en, por ejemplo, bases de datos de proteínas. Los algoritmos de alineamiento como BLAST [Altschul et al., 1990] ySmith-Waterman [Smith and Waterman, […]

Algoritmo Smith-Waterman

Por Germán González El algoritmo Smith-Waterman es un famoso algoritmo para realizar alineamientos locales de secuencias; esto es, determinar regiones similares entre dos secuencias de nucleótidos o proteínas. El algoritmo fue propuesto por Temple Smith y Michael Waterman en 1981. Como el algoritmo Needleman-Wunsch, del cual es una variación, Smith-Waterman es un algoritmo de programación dinámica. Como tal, […]

Algoritmo Needleman-Wunsch

Por Germán González El algoritmo Needleman-Wunsch realiza un alineamiento global de dos secuencias (aquí llamadas A y B). Es comúnmente usado en bioinformática para alinear secuencias de nucleótidos o proteínas. Fue propuesto en 1970 por Saul Needleman y Christian Wunsch en su paper A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence […]

La reparación del ADN

Una investigación realizada por científicos españoles de la Universidad de Sevilla y del Colegio Imperial de Londres, logró descubrir como interviene el complejo proteico SMC5,6 en la reparación del ADN. Según explicó Luís Aragón, quien dirigió el proyecto, a Europa Press, “el trabajo demuestra que unas proteínas estructurales, el complejo SMC5,6, con una función aún […]

Hallan los genes involucrados en siete trastornos frecuentes

La organización Wellcome Trust llevó a cabo un estudio sin precedentes en la historia de la genética al analizar el ADN de 17.000 personas para encontrar diferencias genéticas. Utilizando métodos de investigación más veloces y precisos que los empleados hasta la fecha, los especialistas hallaron los genes relacionados con siete anomalías frecuentes: las disfunciones coronarias, […]

Algoritmo Knuth–Morris–Pratt

El algoritmo para búsqueda de cadenas Knuth–Morris–Pratt (KMP) busca la aparición de una palabra P dentro de una “cadena de texto” principal C, empleando la simple observación de que cuando no sucede una coincidencia, la palabra misma contiene suficiente información para determinar cuando puede ocurrir la siguiente coincidencia, reexaminando caracteres previamente coincidentes. El algoritmo fue […]