Investigadores argentinos participaron en la secuenciación del genoma de la papa

Los investigadores argentinos Leandro Barreiro, Gabriela Massa, Sergio Feingold y Luis Diambra participaron de un proyecto internacional que logró secuenciar el genoma de la papa. La investigación, que aparece en la última edición de Nature, permite empezar a conocer en mayor detalle a este alimento lo cual puede conducir a mejoras genéticas en el futuro.

El cultivo de la papa es el 3ro en importancia mundial (en cuanto a cultivos alimentarios). Su genoma es, sin duda, el punto de partida para muchas preguntas científicas acerca de la evolución y el funcionamiento de la papa. Pero fundamentalmente abre las puertas a nuevos desafíos biotecnológicos, como lo es el de determinar que genes son los responsables por determinadas características de interés, y así acelerar los programas de mejoramiento genético. Por ejemplo, con la información del genoma sera posible desarrollar nuevas variedades mas resistentes a enfermedades, o con mejor valor nutricional.

Es un genoma tetraploide organizado en 12 cromosomas, es decir que hay cuatro copias de cada cromosoma en contraste con las dos copias del genoma humano. Además existe gran variación entre las copias, esto hace que su secuenciamiento sea un desafío bioinformático considerable. El tamaño del genoma es de 840 Mpb (1/4 del genoma humano) que codifican casi 40 mil proteínas. En el trabajo fueron presentado los genomas de dos variedades de Solanum Tuberosum (papa) con una profundidad de 70x.

El aporte argentino consistió en el secuenciamiento parcial del cromosoma 3, y en la participación de la construcción de un mapa genético que identifica la localización de todos los fragmentos secuenciados por los socios del consorcio. Además, aportaron las secuencia completa de las organelas de ambas variedades, y esto es interesante desde el punto de vista bioinformático ya que representa un problema metagenómico. Estos pequeños genomas (alrededor de 1.2 Mpb en total) fueron elaboradas a partir de las contaminaciones presente en las lecturas que salen del secuenciador (alrededor del 2% de las lecturas son no-nucleares). Esta estrategia, por cierto económica, fue diseñada y ejecutada enteramente por el equipo argentino. El equipo argentino esta conformado por Leandro Barreiro, Gabriela Massa y Sergio Feingold,que conduce el Laboratorio de Agro-Biotecnología del INTA-Balcarce, y Luis Diambra del CONICET en el Centro Regional de Estudio Genómicos (CREG) de la Univ. Nac. de La Plata. Luis Diambra es doctor en Física formado en la UNLP. Volvió al país 5 años atrás para desarrollar aquí la bioinformática y la biología de sistemas, despues de 9 años en el exterior. Desde el inicio de su carrera trabajó en áreas que involucran a la biologia pero siempre desde un punto de vista de la fisica o computacional. El actual aporte (genoma de la papa) es una linea de trabajo del Laboratorio de Biología de Sistemas, pero en su laboratorio estudian otros temas que estimulan más la creatividad cientifica. Por ejemplo: los sistemas de regulación génica, una suerte de “transistores bioquímicos”, encargados de controlar la actividad de cada gen, con el propósito de comprender los principio generales de su diseño y de su integración en circuitos génicos y/o bioquímicos.

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