El 8vo Simposio del Consejo Estudiantil tendrá lugar el 13 de julio de 2012 en Long Beach, California. Tiene como objetivo juntar a jóvenes biólogos computacionales de diferentes áreas de investigación y regiones del mundo. Como parte central del simposio, 10 estudiantes serán seleccionados para dar una presentación oral. Se aceptan trabajos tanto acerca de estudios científicos como de herramientas novedosas y aplicaciones en el campo de biología computacional y la bioinformática. Todos los abstracts aceptados para presentación oral serán publicados en una edición especial de BMC Bioinformatics.

Como en ediciones anteriores, se darán premios a pósters y presentaciones sobresalientes. También se dispondrá de becas de traslado, por lo cual se invita a todos los candidatos con abstracts aceptados a que se animen a pedirla.

Información sobre el envío de trabajos: http://symposium.iscbsc.org/content/submissions
Información sobre la beca de traslado: http://symposium.iscbsc.org/content/travel-fellowships
Información general: http://symposium.iscbsc.org/

Fechas importantes
30 de enero de 2012: Se abre el envio de Abstracts y pedidos de becas
2 de abril de 2012: Cierra el período de envío de abstracts
16 de abril de 2012: Notificaciones de aceptación
23 de abril de 2012: Cierra el período de pedido de becas
30 de abril de 2012: Notificación de becas otorgadas

El curso apunta a introducir a los estudiantes los métodos, esrategias y desafíos más importantes de la Biología Sintética. La biología sintica opera en la interfaz entre la biología de sistemas, la ingeniería, las ciencias de la computación y la biología molecular clásica. Los biólogos sintéticos desafían la complejidad (a menudo desconcertante) de la naturaleza mediante la construcción de nuevos sistemas biológicos de acuerdo a sus propias especificaciones con claros principios de ingeniería y de buen comportamiento fuera de la plataforma de componentes.

El curso cubre cuatro grandes áreas temáticas: enfoques descendentes (top-down), ingeniería ascendente (bottom-up), teoría y aplicaciones.

1. De la complejidad natural a la sintética

Antes de diseñar nuevos circuitos, debemos apreciar la organización y la robustez de los circuitos naturales. Los métodos modernos de alto rendimiento nos brindan una visión cada vez más completa de la dinámica del genoma, transcriptoma y proteoma.

2. Principios ingenieriles de la biología sintética ascendente

La ingeniería de la complejidad biológica a partir de partes y dispositivos reutilizables es una de las ideas más inspiradoras de la biología sintética. Recolección de partes, métodos de ensamblaje y estándares de medición están comenzando a achicar la brecha entre una visión que antes era radical y la realidad.

3. La vida es computación

Modelos teóricos inspirados por la física estadística o la teoría de control han arrojado luz sobre los principios que gobiernan las redes biológicas y guían el diseño de redes sintéticas de procesamiento de información

4. Interfaces entre las redes sintéticas y naturales

Interruptores basados en proteínas quiméricas sintéticas y ARN prometen la interceptación y manipulación de las sñales intracelulares

5. Desafíos de la biología sintética

Una ronda de discusión sobre el futuro de la disciplina.

Conferencistas confirmados:

• Marc Güell, Harvard Medical School, USA
• Roman Jerala, National Institute of Chemistry, Slovenia
• Reshma Shetty, Ginkgo Bioworks, USA
• Christina Smolke, Stanford University, USA
• Ricard Solé, Universitat Pompeu Fabra, Spain
• Aleksandra Walczak, Ecole Normale Supérieure, France

La fecha límite para inscribirse es el 22 de diciembre de 2011 y puede realizarse a través de este sitio web:  https://www.conference-service.com/glc12-04/welcome.cgi Los candidatos seleccionados serán contactados el 31 de enero de 2012 y deberán abonar un monto de 25 euros en concepto de inscripción

Organizadores

• Alejandro Nadra, UBA, Buenos Aires, Argentina
• Raik Grünberg, IRIC, Université de Montréal, Montréal, Canada
• Ignacio Sanchez, UBA, Buenos Aires, Argentina
• Alejandro Colman-Lerner,  UBA, Buenos Aires, Argentina

El promotor de este iniciativa es el investigador costarricense Allan Orozco, quien actualmente trabaja en el Instituto Nacional de Bioinformática de España y es el coordinador de la Red Centroamericana de Bioinformática. Mientras que los equipos y el software fueron donados por la empresa Microsoft.

Además, Orozco ha impulsado la creación de la Maestría en Bioinformática y Biología de Sistemas que abrió este año en la UCR. Entre las materias que se llevan en el posgrado están modelación molecular, fármaco genómica e inmunoinformática. Se espera que los estudiantes, docentes e investigadores de la Maestría sean los principales usuarios del cluster.

El 14 de diciembre comenzó la 5ta Capacitación Virtual en Bioinformática organizada por la Red Asiática de Investigación y Educación en Bioinformática (Asian Bioinformatics Research and Education Network, ABREN). Este es un seminario online con conferencias multimedia provistas por internet. Estas conferencias cubren diferentes temas de la bioinformática y se encuentran clasificados en básicas, intermedias y avanzadas. Esto permite que los participantes vayan a su propio ritmo y pregunten a los profesores las cosas que consideren necesarios durante el período de capacitación.

Algunas de las conferencias que se brindarán en esta oportunidad son:

• A short Tutorial on Supervised Learning (básico)
• Dynamic modeling of gene regulatory and metabolic networks using CADLIVE (avanzado)
• Grid layout algorithm for biochemical network maps using approximate pattern matching (avanzado)
• Robustness Analysis of a Dynamic Model of Biochemical Networks (avanzado)

Para más información ingresar a: http://gibk21.bio.kyutech.ac.jp/abren2011/abren/index.php

Requisitos:

• Título de grado o posgrado en cualquier área de la biología molecular
• Más de tres años de experiencia en Bioinformática con publicaciones en el área y en biología molecular
• Desarrollo de software bioinformático en general, conocimiento de bases de datos y metodología de secuenciación masiva
• Conocimiento de la literatura sobre genómica del cáncer y enfermedades genéticas
• Capacidad para gestionar y cooperar en proyectos internacionales

Se ofrece:

• Un trabajo en un excelente centro que tiene múltiples colaboraciones nacionales e internacionales. El salario depende de la experiencia y el título del aspirante. La incorporación sería de inmediato.

Los candidatos deberán contactarse con jbenitez@cnio.es incluyendo su CV y al menos el nombre de dos personas que sirvan como referencias.

Las condiciones para aprobar el curso son asistir al 80% de las clases, finalizar el 80% de los trabajos prácticos (alcanzando el 80% de los resultados esperados) y aprobar el examen final. El curso no es arancelado pero existe un cupo de 20 alumnos.

Programa del curso:

Lunes 20-02: 9.00-13.00 y 14.00-18.00, 8 Horas.

• T1: Introducción al Curso 1h
• T2: Introducción Teórica 1: Características de Amino Ácidos, Proteínas, Flujo Genético, Evolución2h
• TP1: Introducción 1h
• Almuerzo comunal con Introducciones personales
• T3: Introducción Teórica 2: Algoritmos, Hidden Markov Models, Teoría de Información 1h
• TP2: NCBI: Blast y Entrez 1h
• T4: Next Generation Sequencing 2h

Martes 21-02: 9.00-13.00 y 14.00-18.00, 8 Horas.

• T5: “Gene Prediction” 2h
• TP3: Genome Browsers 1h
• T6: Algoritmo de Smith-Waterman 1h
• TP4: Alineamiento por pares: Dotplot y Lalign 2h
• T7: Introducción Teórica 3: Evolución, Matrices de
• Substitución 2h

Miércoles 22-02: 9.00-13.00 y 14.00-16.00, 6 Horas.

• T8: Blast 2h
• TP5: Blast 4h
• Última hora del TP usamos para repasar los TPs 4 y 5

Jueves 23-02: 9.00-13.00 y 14.00-18.00, 8 Horas.

• T9: Patrones y Motivos 1h
• TP6: Predicción Secuencia-Función: Patrones 2h
• T10: Dominios y HMMer profiling 1h
• TP7: HMMer profiling; Pfam (Con repaso TPs 6 y 7) 2h
• T11: Alineamiento Múltiple 2h

Viernes 24-02: 9.00-13.00 y 14.00-18.00, 8 Horas

• TP8: Alineamiento Múltiple: ClustalW, T-Coffee, HMMer 3h
• T12: Genómica y Genómica Comparativa 1h
• T13 Case Study Classificación in silico de homólogos 1h
• TP9p1: Case study: Classificación in silico de homólogos 3h

Lunes 27-02: 10.00-13.00 y 14.00-17.00, 7 Horas.

• T12: Repaso Teóricas 1h
• T14: Filogenia:Distance methods, Maximum Parsimony, Maximum
• Likelihood 2h
• TP7: Filogenia 3h
• T15: HMMer, T-coffee y Phylogenia 1h

Martes 28-02 9.00-13.00 y 14.00-17.00, 7 Horas

• T16: Evolución Molecular: Teorías de selección natural y evolución neutral 1h
• TP10: Neutrality Testing 2h
• T17: Modelado de Estructuras: SWISS-Model, PHYRE 2h
• TP11: Modelado 3D 2h

Miércoles 29-02 9.00-13.00 y 14.00-17.00, 7 Horas

• T18: Predicción estructura-función: Evolutionary Trace, DIVERGE, Qsite 2h
• TP12: Predicción estructura-función 3h
• TP9p2: Case study 2h

Jueves 01-03 10.00-12.00 y 14.00-18.00, 6 Horas

• Examen 2h
• Profesor Invitado Dr Marcel Brun, Facultad de Ingeniera, UNMdP
• T19: Data analysis 1h
• T20: Microarrays 2h
• TP13: Microarrays 1h

Viernes 02-03 9.00-13.00 y 14.00-17.00, 7 Horas

• T20: Repaso examen 1h
• TP9p3: Case study 4h
• T20 Finalización del curso 2h

Sábado 3 de marzo: Segundo Taller Marplatense de Bioinformática y Genómica (adicional y opcional)

Para inscribirse descargar el formulario desde aquí y enviarlo a cursospostexa@mdp.edu.ar con copia a tenhave.arjen@gmail.com . El cierre de inscripción es el 5 de enero de 2012.

En un encuentro realizado en el día de ayer en la ciudad de Buenos Aires se presentó la Cámara Argentina de Biotecnología. Su principal objetivo es “contribuir a una política público-privada en un campo en el que la Argentina presenta ventajas comparativas por sus recursos naturales, humanos y científicos”.

Esta nueva entidad está conformada por las principales empresas de la industria biotecnológica del país, abarcando diferentes sectores como salud humana y animal, industria agroalimentaria, forestal y combustibles. Su Comisión Directiva está conformada por Alberto Álvarez Saavedra (Gador), presidente; los vicepresidentes 1º Víctor Trucco (Indear), 2º Hugo Sigman (Grupo INSUD) y 3º Francisco Molinari (Amega Biotech), y secretario Gustavo Grobocopatel (Bioceres).

En la reunión donde fue presentada la Cámara estuvo presente el Ministro de Ciencia, Tecnología e Innovación productiva, Lino Barañao, con quien se discutió ”el avance de la reglamentación de la Ley de Desarrollo y Producción de la Biotecnología Moderna”, entre otros temas.

Alvarez Saavedra, presidente de la cámrara, explicó que “en la reunión se acordó llevar adelante un relevamiento de todas las empresas con actividades en el campo de la biotecnología en el país para conformar un mapa de la oferta científica, tecnológica y productiva”. Además, se acordó analizar las distintas posibilidades de financiamiento disponibles en organismos nacionales e internacionales destinadas a la Investigación y Desarrollo para facilitar el acceso de las empresas nacionales a las mismas.

El candidato preferentemente debe poseer un título de doctorado, con formación en computación, ciencias biológicas o afines y con sólidos conocimientos de bioinformática. Es necesario que conozca los algoritmos de alineamiento de secuencias y es deseable que tenga experiencia en algoritmos de monatje de genomas (Newbler, Celera Assembler – WGS, Phrap, Velvet, Euler, Mira etc). Además deberá tener experiencia en la utilización de lenguajes de programación.

El salario será de acuerdo al nivel académico del candidato o de la experiencia comprobada y puede llegar a 6.240,00 reales. Los currículums deben ser enviados a labinfo@lncc.br y los preseleccionados serán contactados por e-mail para realizar la entrevista personal.

Algunos de los proyectos llevados a cabo por la ONG son: ASO, un optimizador del tratamiento antirretroviral que ayuda a los médicos a tomar decisiones, Phyloloc un algoritmo que determina el origen de dispersión de un patógeno en base a filogenia e información geográfica y Backbones-Generator una base de datos de cadenas princiapales de proteínas que permite predecir estructuras de manera más rápida y eficiente.

Para más información: http://www.fudepan.org.ar/

El equipo de variación de Ensembl lidera los esfuerzos por anotar y distribuir la información de variación, creando recursos para entender la genética poblacional y construir conexiones entre genotipo, fenotipo y enfermedades. Más información:  http://www.embl.de/aboutus/jobs/searchjobs/index.php?newms=jj&id=46946

Por su parte, el equipo de regulación de Ensembl integra información epigenética y funcional como ChIP-seq, modificaciones histónicas y metilación de ADN para realizar la anotación de la regulación del genoma en células y tejidos específicos. Más información: http://www.embl.de/aboutus/jobs/searchjobs/index.php?newms=jj&id=46953

La fecha límite para ambas presentaciones es el domingo 4 de diciembre.