Extensiones bioinformáticas para Mozilla Firefox

Por Walter Elías

Cuando se trabaja en bioinformática, algunas herramientas web son indispensables. Lo bueno es que hay muchísimas y lo malo es que cada una tiene su propia utilidad y ninguna se puede descartar. Por ello contar con acceso fácil a todas resulta cada vez más necesario. Existen dos herramientas muy potentes que se pueden agregar como extensiones de Mozilla Firefox: Biofox Biobar.

Biofox (desarrollada por Saleem Mohammed en la Universidad de Nebraska-Lincoln):

Conviene descargar directamente la extensión (esto descarga la última versión). Solo hay que entrar en el siguiente link (siempre desde Firefox) y hacer clic en download:
https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/300

Una vez descargada e instalada bioFOX (y reiniciado el navegador), nos encontramos con que el autor ha optado por implementarla como un panel lateral, con lo que la forma de invocarla es yendo al menú Ver->Barra lateral, y activándola. Dado que hay servicios bioinformáticos que devuelven los resultados en forma de un correo electrónico, lo primero que hay que hacer es poner una dirección de correo electrónico en las opciones de configuración de la extensión (menú Options->Preferences) del panel.

Esta extensión realiza las ejecuciones basándose en el texto seleccionado en el navegador, con lo que se presenta el problema de la gallina y el huevo: ¿cómo empezar? Para ello, permite crear un workspace, que es básicamente una página en blanco con un campo donde pegaremos la información a buscar, y que genera una página local con dicha información una vez que hacemos clic en ‘Submit’. Esto creará un texto con formato soportado por la extensión; sólo tenemos que seleccionar el texto, y hacer clic en alguno de los servicios que aparecen en el panel, que automáticamente se encarga de invocar el servicio con esa información seleccionada como entrada. Cada invocación
genera una pestaña nueva en el navegador: si el servicio necesita parámetros adicionales, entonces la página que se abrirá será la correspondiente a dichos parámetros; si el servicio se puede ejecutar tal cual, entonces la página que se abrirá será la de información del mismo. Con los resultados en mano, si queremos seguir buscando sólo tendremos que seleccionar lo que nos interese, hacer clic en el servicio, y esperar la siguiente respuesta. Además, introduce en el menú contextual la opción de realizar una búsqueda PubMed o Scirus del texto seleccionado, con lo que permite de un sola vez ver si hay artículos disponibles relacionados.

Biobar:
Se puede instalar desde Biofox pero es preferible descargarla directamente para contar con la última versión.
Para instalarla, lo primero de todo es conocer el sitio web donde se encuentra disponible: http://biobar.mozdev.org. Una vez obtenida e instalada la versión correspondiente a tu navegador (Mozilla Firefox), y después de haberlo reiniciado (¡muy importante!), aparece como una barra adicional en el navegador, justo debajo de la barra de Marcadores. A simple vista se puede apreciar que es una barra de búsquedas totalmente
enfocada al acceso en línea de recursos bioinformáticos. Dicha barra dispone de un menú de acceso directo a los principales portales bioinformáticos existentes, un par de menús desplegables para especificar el tipo de búsqueda recuperación que se quiere realizar (por accession en UniProt, una búsqueda de texto libre en PDBsum, o incluso en varios sitios a la vez), y un campo donde escribimos el dato a buscar. Además, dicha barra dispone de un campo dedicado exclusivamente a la búsqueda de estructuras PDB por su identificador, y la extensión que la genera permite además añadir enlaces propios al
menú de acceso directo. Dentro del sitio web hay también documentación que describe como integrar servicios adicionales de búsqueda en Biobar.

Probando Biobar descubrimos que dicha extensión ha creado un submenú nuevo dentro del menú Herramientas, donde están disponibles varias opciones (opciones de Biobar, mostrar el directorio del mismo, personalizar el menú de búsqueda, etc…). Es interesante la opción ‘Install bioFOX’, que no está muy bien documentada pero no la recomendamos debido a que no instala la última versión de la extensión.

 

Comentarios