EMBOSS en Ubuntu

Por Walter Elías

EMBOSS es una suite bioinformática de tipo open source empleada fundamentalmente en biología molecular y genética. EMBOSS es un acrónimo procedente del inglés «European Molecular Biology Open Software Suite». Se trata de un software versátil que recibe datos en multitud de formatos y que los analiza de múltiples maneras. Contiene multitud de herramientas centradas en el análisis de ácidos nucleicos y proteínas. Si bien se ejecuta en la línea de comandos, existen GUIs que facilitan su manipulación bajo un entorno gráfico.

No hay un paquete compilado para Ubuntu Feisty. Si para las versiones nuevas de Ubuntu, pero este tutorial sirve para todas. Siempre está la divertida opción de compilarlo con todas las ventajas que esto trae. De todas maneras muchas veces uno no tiene tiempo para esto y prefiere hacer doble clic. En el paquete .zip que dejo para descargar, encontrará varios archivos. Para instalarlo, primero ejecutar los .deb que tienen la palabra lib (son librerías), luego los paquetes data, posteriormente los paquetes all y por último emboss.

emboss.zip

Emboss en entorno gráfico:

También existen algunas GUI’s interesantes. La que más me gusta es una basada en kaptain. Kaptain permite “embeber” scripts y ejecutar aplicaciones de consola con formularios propios de un entorno gráfico (en este caso QT).

Se puede descargar un paquete llamado “Kaptain grammar files for EMBOSS and EPHYLIP applications” que permite ejecutar las aplicaciones de EMBOSS en GUI. Esto es muy práctico. Pongo aquí la descarga de los paquetes compatibles con Feisty/Gutsy. Para poder ejecutarlos primero hay que instalar kaptain y nedit(puede ser desde synaptic o desde consola haciendo sudo apt-get install kaptain nedit.

Luego descomprimir el paquete en un directorio y listo. Al hacer doble clic en los archivos con la extensión .kaptain, tendremos las aplicaciones de EMBOSS pero con un entorno práctico.

Para mejorar la experiencia con el usuario, el paquete de Kaptain grammar contiene un instalador que permite generar un ambiente de trabajo interesante. Es necesario usar un poco la consola de linux en este paso, algo que no viene mal de vez en cuando.

Desde la consola nos vamos a posicionar en el directorio donde descomprimimos el paquete. Supongamos que hicimos esto en un directorio llamado EMBOSS en el home de nuestro usuario linux. Para ubicarnos en este directorio, desde la consola tipeamos lo siguiente:

cd /home/usuario/EMBOSS (donde usuario es el nombre de usuario que usamos para iniciar sesión en ubuntu).

Ahora vamos a iniciar el script de instalación que viene con el paquete. Para los más curiosos, pueden ver el contenido del script haciendo:

gedit install.sh (opcional)

Desde la consola, vamos a crear un directorio que usaremos después

mkdir /home/usuario/Aplicaciones_EMBOSS

Para comenzar la instalación tenemos que trabajar en modo root. El modo root permite tener acceso al sistema de programas de linux, entre otras cosas, y es lo que le da la robustez al sistema operativo. Por ejemplo, si existiera algún virus para linux, para poder infectar la máquina necesitaría tener los permisos del usuario root, algo que por defecto no tiene y por ende no hay forma de que un virus infecte la pc con linux ;). Entonces vamos a instalar:

sudo ./install.sh

Esto nos va a pedir la clave de usuario. El sistema la necesita para darle al usuario permiso de root que solo va a estar activo por un tiempo limitado breve; este tiempo nos alcanza bien para completar la instalación.

El script nos va a preguntar varias cosas. La primera es donde instalaremos nuestro sistema. Vamos a apretar ENTER para aceptar las opciones por defecto en la primera y la segunda pregunta.

Luego nos preguntará la ruta del editor que usa EMBOSS. En varios sistemas linux este editor se llama nc pero caprichosamente en Ubuntu se llama nedit. Le ponemos este nombre.

nedit

Por último nos pregunta donde queremos crear el menú del programa (especificamente para KDE). Si tenemos KDE instalado podemos darle aquí la ruta. Sino, podemos crear una que sea propiamente para las aplicaciones de EMBOSS. Recomiendo esto último.

En este paso deberías usar el directorio que creamos antes. Cada uno puede poner el que más le guste:

/home/usuario/Aplicaciones_EMBOSS

Y listo… tenemos instalado todo.

Acá más de uno va a saltar con el argumento de “En windows hago doble clic y con eso basta”… Y es cierto. En linux también se puede instalar así actualmente. Pero el objetivo de este tutorial es introducir también algunos conceptos básicos del sistema operativo y aprender algunos detalles mínimos que nos servirán para otras aplicaciones Open Source de Bioinformática.

 

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