Elmer Fernández: «La capacidad de cómputo está frenando la investigación»

La Voz del Interior – Elmer Fernández sostiene que el «hardware» no cubre la actual demanda en generación de información. Se dedica a analizar datos genéticos en busca de métodos para tratar el cáncer.

En 2007, había 281 mil millones de gigabytes de datos digitalizados en el mundo. Este año el universo digital tendrá por lo menos 10 veces ese tamaño. Cada vez hay más datos, pero no siempre es sinónimo de información y conocimiento. Empresas y científicos necesitan técnicas informáticas como la minería de datos para exprimir algo útil de esas colosales bases de datos.

Esto ocurre en investigación médica desde que se descifró el genoma humano. Elmer Fernández (39), doctorado en Computación e investigador del Conicet y la Universidad Católica de Córdoba (UCC) aplica esta técnica para desarrollar nuevos métodos de diagnóstico y tratamiento para el cáncer.

–¿En qué proyectos está trabajando?
–Estamos tratando de asociar vías metabólicas a melanomas. Trabajamos con un grupo de biología molecular del Instituto Leloir. Analizamos los datos que se recopilan en el laboratorio. Las proteínas que se expresan y las vías metabólicas que se activan para luego determinar si alguno de ellos puede ser en un objetivo terapéutico o un nuevo método de diagnóstico. Otro proyecto consiste en caracterizar molecularmente el cáncer en América latina. Exploramos el genoma para determinar perfiles moleculares asociados a características poblacionales específicas como procedencia o linaje.

–¿Por qué sólo para América latina?
–Porque los métodos desarrollados en EE.UU. fallan cuando se usan en latinos. Probablemente esto se deba a que se generan a partir de una subpoblación y quieren probarla en toda. Entonces, nuestra idea es generar un diagnóstico y tratamiento específico para América latina analizando esta población.

–¿Qué se necesita para hacer este trabajo?
–Necesitamos computadoras. Creamos los programas específicos para obtener la información que queremos o nos piden. Utilizamos bases de datos que nos facilitan, o bien, que nosotros generamos.

–¿Qué le gusta más de su trabajo?
–Me gusta aportar a la salud. Antes que trabajar en algo más analítico, me gusta encontrar información biológica relevante para que pueda ser usada en el entendimiento de un problema de la salud.

–¿Algunos de sus aportes han originado un desarrollo tecnológico?
–Participé en el desarrollo de un equipo para analizar señales cardíacas que ya se vende en EE.UU. En colaboración con un grupo chileno, patentamos una firma molecular que podría tener alguna aplicación terapéutica. Identificamos una serie de genes y sus formas de expresión que están asociadas al cáncer de colon y gástrico y que podrían ser usados para desarrollar una terapia o diagnóstico porque miden en sangre.

–¿Cuánto hay de creatividad y cuánto de rutinario en su trabajo?
Tiene que haber creatividad porque no podríamos avanzar en la carrera científica. Para publicar algo, tiene que ser novedoso y para lograr eso, hay que ser creativos. Cada proyecto es un nuevo desafío que requiere creatividad. Aunque a veces hay trabajos rutinarios y otras veces picamos la piedra pero no encontramos nada.

–¿En qué momento la minería de datos se volvió necesaria para la investigación y las empresas?
–Desde que comenzó a ser más fácil almacenar información. Los volúmenes de datos se volvieron inmanejables para analizarlos en una tabla de Excel. Manejamos bases de datos de 10 mil entradas con 1.500 atributos cada uno. Es imposible mirar esa cantidad de datos y obtener información.

–¿La capacidad de almacenamiento acompaña este crecimiento en la generación de datos?
–Antes había un excedente en capacidad de procesamiento y almacenamiento que no eran aprovechados. Ahora es la primera vez que se da vuelta la ecuación. Por ejemplo, la tecnología actual de secuenciación de genes está muy por delante de la capacidad para almacenar esos datos. Tampoco sirve la tecnología de transferencia. La capacidad de cómputo está frenando la investigación. Limita nuestro trabajo.

Fuente: Diario La Voz del Interior (http://www.lavoz.com.ar/ciudadanos/capacidad-computo-esta-frenando-inves…)

 

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