Curso-Taller “Advanced genomics workshop in the NGS era”

El Curso-Taller “Advanced genomics workshop in the NGS era: Bioinformatics tools for genome analysis and annotation”,  se llevará a cabo del 31 de julio al 3 de agosto de 8,30  a 18 hs, en la Unidad de Bioinformática del Instituto de Biotecnología del INTA-Castelar. Está dirigido a investigadores y /o profesionales que participen en proyectos genómicos.

El curso tiene un cupo máximo de 16 asistentes. Se priorizarán los postulantes que tengan necesidades específicas en  anotación estructural y funcional de genomas. Es aconsejable que los asistentes tengan conocimientos básicos de sistema operativo Unix (las prácticas se llevarán a cabo en Linux) y que tengan disponibilidad de una computadora portátil que funcionará como terminal de trabajo.

Para inscribirse es requisito enviar CV resumido y una carta explicando las motivaciones para participar del taller a mfarber@cnia.inta.gov.ar hasta el 5 de julio del corriente. Las notificaciones confirmando la participación se comunicarán a partir del 10 de julio, informando a su vez la página web del curso donde figurarán las indicaciones, actualizaciones y el material específico.

Organizadores:
Elisabet Caler; J. Craig Venter Insitute (USA).
Hernán Lorenzi, J. Craig Venter Insitute (USA).
Marisa Farber, Inst. Biotecnología, INTA
Maximo Rivarola, Inst. Biotecnología, INTA

Docentes:
Elisabet Caler; J. Craig Venter Insitute (USA).
Hernán Lorenzi, J. Craig Venter Insitute (USA).
Marisa Farber, Inst. Biotecnología, INTA
Maximo Rivarola, Inst. Biotecnología, INTA
Sergio Gonzalez, Inst. Biotecnología, INTA
Ariel Amadio, EEA-Rafaela, INTA

Programa
Día 1: Teóricos: Introducción al curso. Metodologías de  secuenciación de alto rendimiento (NGS – Next Generation Sequencing -). Aplicaciones. Ventajas y desventajas de las diferentes plataformas disponibles. Criterios de elección de acuerdo a los casos de estudio.  Análisis de los datos resultantes de un proyecto de secuenciación usando NGS: métodos de ensamblado, calidad de lectura, concepto de N50, contigs, scaffolds, variables genómicas que pueden afectar los ensamblados. Prácticos: Introducción a Unix. Almacenamiento y análisis de los archivos de salida de proyectos de secuenciación. Control de calidad y filtrado de los datos. Introducción a herramientas de ensamblado: Newbler, Velvet.

Día 2: Teóricos: Anotación estructural de genomas. Estrategias de predicción de genes para Virus, Bacterias y Eucariotas. Prácticos: Introducción a herramientas de alineamiento masivos (Mummer tools). Proyecto de Anotación de un genoma bacteriano: Predicción de genes: ORF finders versus de-novo gene finders; evaluación del desempeño de las predicciones (sensibilidad y especificidad).

Dia 3: Teóricos: Continuación anotación estructural de genomas. Estrategias de curación de anotación estructural. Utilización de datos de expresión génica para mejorar la anotación de genomas Eucariotas y Procariotas. Introducción a ESTs/RNAseq. Prácticos: Continuación del proyecto de anotación estructural del genoma bacteriano. Ejercicio complementario: Predicción de genes eucariotas utilizando datos de ESTs y RNAseq.

Día 4: Teóricos: Anotación funcional. Conceptos básicos. Usos de Bases de Datos Públicas de proteínas y de dominios proteicos. Anotación basada en homología. Identificación de motivos. Prácticos: Pipelines de anotación: uso de Pfam (A y B), CDD, PRIAM-números EC, Uniprot, GenBank, SignalP, TMHMM, TargetP, tRNA-scan, HMM-searches, RPSblast.  Introducción a las ontologías de genes (mapeo GO manual vs automático). Uso de las redes metabólicas (KEGG, Pathway tools). Uso de redes de ortología ( OrthoMCL).

Día 5: Teóricas: Genómica comparativa. Introducción a la Metagenómica y Metatranscriptómica.  Herramientas para el análisis de proyectos de Metagenómica. Prácticos: Discusión y análisis de los resultados de los proyectos de anotación utilizados como modelos de estudio durante el curso. Herramientas para proyectos de  genómica comparativa (identificación de SNPs).

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