Curso sobre “informática de la biodiversidad”

Entre el 26 de julio y el 6 de agosto de 2010, se dictará el curso de posgrado “Introducción a la informática de la biodiversidad”. El mismo tendrá lugar en la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (UBA) de 9 a 17hs.

El docente responsable es Martín Ramírez (investigador independiente, CONICET. Profesor adjunto, EGE FCEyN-UBA) y también estará Renato Mazzanti como profesor invitado (profesor adjunto, Universidad Nacional de la Patagonia).

La carga horaria será de 60 horas con una modalidad teórico-práctico con examen final. Hasta el 15 de julio de 2010 se pueden realizar las pre-incripciones, enviando un e-mail a Martín Ramírez (ramirez@macn.gov.ar) incluyendo: CV, cargo actual, lugar de trabajo y tema de estudio. Tabién se debe adjuntar una carta de intención explicando cómo piensa aplicar los conocimientos adquiridos en el curso.

El cupo máximo es de 30 alumnos (prioridad: doctorandos UBA; de otras universidades con proyectos de tesis afines a los contenidos del curso) y el arancel es de $80.


Programa


Contenidos teóricos y metodológicos

 

Introducción general
Tipos de datos de biodiversidad: Taxonómicos, geográficos, ambientales, cronológicos, anatómicos, desarrollo, parentescos. Origen de datos de biodiversidad: Colecciones biológicas, observaciones, multimedia. Datos y metadatos. Especificaciones utilizadas en biodiversidad y disciplinas relacionadas.

Introducción a las bases de datos
Concepto de normalización e integridad referencial. El modelo entidad-relación. Bases relacionales vs. bases orientadas a objetos, estado del arte. Las bases de datos heterogéneas distribuidas, su aplicación a la biodiversidad.
Repositorios de datos.

Introducción a los metadatos
Datos y metadatos. Especificaciones utilizadas en biodiversidad y disciplinas relacionadas. Darwin Core: Versiones e implementaciones.

Metadatos de conjuntos de datos
Catálogos de metadatos de recursos de biodiversidad.

Metadatos de ubicación geoespacial
Método punto-radio. Protocolos de georreferenciación.

Metadatos de imágenes biológicas
Metadatos embebidos. Vistas estandarizadas. Repositorios. Digitalización de ejemplares mediante imágenes.

Datos taxonómicos
Catálogos de autoridad taxonómica. Agregadores de datos taxonómicos. Estimas de diversidad con taxonomía incompleta.

Identificadores únicos
Importancia y problemas de identificadores únicos. URIs, LSIDs.

Ontologías biológicas
Conceptos, relaciones y razonamientos automáticos. Web semántica, repositorios RDF. Anotaciones utilizando ontologías.

Herramientas de adquisición de datos de colecciones biológicas
Funciones y problemática general. Modelos de datos usuales.

Proveedores de datos
Función y tecnología empleada. Proveedores TAPIR, IPT

Portales de datos
Función y tecnología empleada. Portales de iniciativas de biodiversidad.

Aplicaciones de datos de biodiversidad
Cybertaxonomía. Identificación taxonómica automática: DNA Barcodes y sistemas basados en imágenes. Modelado de distribuciones predictivas. Áreas de endemismo. Inventarios y estimas de riqueza.

Trabajos prácticos

  • Búsquedas y procesamiento de datos de portales: GBIF, SNDB, BOLD, Morphbank.
  • Consultas en bases de datos relacionales.
  • Mapeo de campos de colecciones biológicas a Darwin Core.
  • Validación de colecciones de datos. Problemas generales, métodos manuales y automáticos.
  • Georreferenciación de localidades geográficas.
  • Uso de servicios web.

 

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