Curso sobre algoritmos en Bioinformática Inmunológica

El Centro de Análisis de Secuencias Biológicas (CBS) de la Universidad de Dinamarca organiza una curso de posgrado sobre algoritmos en Bioinformática Inmunológica que tendrá lugar en la Universidad de Quilmes, Argentina. El curso comienza en la primera semana de marzo y finaliza a mediados de mayo.

La modalidad elegida es de dos clases por semana, cada una de 4 horas. Un día se darán las clases teóricas y pequeños ejercicios para hacer a mano, mientras que el segundo día consistirá en la implementación de los diferentes algoritmos.

El objetivo del curso es proveer a los estudiantes de una una visión general y una comprensión profunda de los algoritmos de aprendizaje maquinal usados en bioiformática. Permitiendo al estudiante evaluar primero cual algoritmo(s) es el más adecuado para responder a una determinada pregunta biológica y luego desarrollar herramientas de predicción basadas en estos algoritmos para describir complejos problemas biológicos tales como reacciones del sistema inmune, descubrimiento de vacunas, estructura y función de proteínas y modificaciones post-traduccionales, etc.

El curso cubrirá los algoritmos más utilizados en bioinformática inmunológica, haciendo énfasis en la implementación matemática precisa de los algoritmos. Durante el curso, se introducirán problemas biológicos de relevancia inmunológica con el propósito de resaltar los puntos fuertes y débiles de los diferentes algoritmos. Se cubrirán los siguiente temas:

  • Matrices de pesos: Ponderación de secuencias, muestreo de Gibbs y Psi Blast
  • Programación dinámica: Needleman-Wunsch, Smith-Waterman y alineamientos heurísticos
  • Redundancia de datos y reducción de homología: Hobohm y otros algoritmos de clustering
  • Modelos ocultos de Markov: Construcción del modelo, algoritmo de Viterbi y aprendizaje de Baum Welsh
  • Redes neuronales artificiales: Arquitecturas y codificación de secuencias, algoritmo de proalimentación y de retropropagación

Los prerrequsitos para el curso son tener conocimientos básicos de programación y preferentemente algunos conocimientos de bioinformática. El lenguaje utilizada en el curso es C, pero no se requieren conocimientos previos del mismo. El curso será dictado en inglés.

Más información: CBS – Algorithms in Immunological Bioinformatics

Inscripción: enviar un mail a Morten Nielsen incluyendo un breve CV.

 

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