Curso de bioinformática, genómica comparativa y evolución molecular

La Escuela de Postgrado de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (Universidad Nacional de Mar del Plata) organiza el curso Bioinformática, Genómica Comparativa y Evolución Molecular. El mismo será dictado por Dr. Arjen Ten Have entre los días 20 de febrero y 2 de marzo de 2012.

Las condiciones para aprobar el curso son asistir al 80% de las clases, finalizar el 80% de los trabajos prácticos (alcanzando el 80% de los resultados esperados) y aprobar el examen final. El curso no es arancelado pero existe un cupo de 20 alumnos.

Programa del curso:

Lunes 20-02: 9.00-13.00 y 14.00-18.00, 8 Horas.

  • T1: Introducción al Curso 1h
  • T2: Introducción Teórica 1: Características de Amino Ácidos, Proteínas, Flujo Genético, Evolución2h
  • TP1: Introducción 1h
  • Almuerzo comunal con Introducciones personales
  • T3: Introducción Teórica 2: Algoritmos, Hidden Markov Models, Teoría de Información 1h
  • TP2: NCBI: Blast y Entrez 1h
  • T4: Next Generation Sequencing 2h

Martes 21-02: 9.00-13.00 y 14.00-18.00, 8 Horas.

  • T5: “Gene Prediction” 2h
  • TP3: Genome Browsers 1h
  • T6: Algoritmo de Smith-Waterman 1h
  • TP4: Alineamiento por pares: Dotplot y Lalign 2h
  • T7: Introducción Teórica 3: Evolución, Matrices de
  • Substitución 2h

Miércoles 22-02: 9.00-13.00 y 14.00-16.00, 6 Horas.

  • T8: Blast 2h
  • TP5: Blast 4h
  • Última hora del TP usamos para repasar los TPs 4 y 5

Jueves 23-02: 9.00-13.00 y 14.00-18.00, 8 Horas.

  • T9: Patrones y Motivos 1h
  • TP6: Predicción Secuencia-Función: Patrones 2h
  • T10: Dominios y HMMer profiling 1h
  • TP7: HMMer profiling; Pfam (Con repaso TPs 6 y 7) 2h
  • T11: Alineamiento Múltiple 2h

Viernes 24-02: 9.00-13.00 y 14.00-18.00, 8 Horas

  • TP8: Alineamiento Múltiple: ClustalW, T-Coffee, HMMer 3h
  • T12: Genómica y Genómica Comparativa 1h
  • T13 Case Study Classificación in silico de homólogos 1h
  • TP9p1: Case study: Classificación in silico de homólogos 3h

Lunes 27-02: 10.00-13.00 y 14.00-17.00, 7 Horas.

  • T12: Repaso Teóricas 1h
  • T14: Filogenia:Distance methods, Maximum Parsimony, Maximum
  • Likelihood 2h
  • TP7: Filogenia 3h
  • T15: HMMer, T-coffee y Phylogenia 1h

Martes 28-02 9.00-13.00 y 14.00-17.00, 7 Horas

  • T16: Evolución Molecular: Teorías de selección natural y evolución neutral 1h
  • TP10: Neutrality Testing 2h
  • T17: Modelado de Estructuras: SWISS-Model, PHYRE 2h
  • TP11: Modelado 3D 2h

Miércoles 29-02 9.00-13.00 y 14.00-17.00, 7 Horas

  • T18: Predicción estructura-función: Evolutionary Trace, DIVERGE, Qsite 2h
  • TP12: Predicción estructura-función 3h
  • TP9p2: Case study 2h

Jueves 01-03 10.00-12.00 y 14.00-18.00, 6 Horas

  • Examen 2h
  • Profesor Invitado Dr Marcel Brun, Facultad de Ingeniera, UNMdP
  • T19: Data analysis 1h
  • T20: Microarrays 2h
  • TP13: Microarrays 1h

Viernes 02-03 9.00-13.00 y 14.00-17.00, 7 Horas

  • T20: Repaso examen 1h
  • TP9p3: Case study 4h
  • T20 Finalización del curso 2h

Sábado 3 de marzo: Segundo Taller Marplatense de Bioinformática y Genómica (adicional y opcional)

Para inscribirse descargar el formulario desde aquí y enviarlo a cursospostexa@mdp.edu.ar con copia a tenhave.arjen@gmail.com . El cierre de inscripción es el 5 de enero de 2012.

 

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