Archivo de ‘Artículos’

Algoritmo FASTA

Por Germán González El algoritmo FASTA es un método heurístico para comparación de cadenas. Fue desarrollado por Lipman y Pearson en 1985 y luego mejorado en 1988. FASTA compara una cadena de consulta con una cadena de un solo texto. Cuando buscamos en una base de datos entera coincidencias para una consulta dada, comparamos la consulta […]

Computadoras de ADN

Por Juan Pablo Bustamante Los procesos que ocurren en los seres vivos constituyen algunos de los mecanismos más eficientes para procesar información.El código genético es una de las maquinarias más eficientes y compactas para procesarla y almacenarla. De ahí el creciente interés que la biología ha despertado a los investigadores de las ciencias computacionales en los […]

HMMER

Pblicado originalmente por CLC bio bajo licencia Creative Commons. Traducido por Germán González La búsqueda en bases de datos es ampliamente utilizada en bioinformática y hay un gran número de diferentes maneras de buscar en, por ejemplo, bases de datos de proteínas. Los algoritmos de alineamiento como BLAST [Altschul et al., 1990] ySmith-Waterman [Smith and Waterman, […]

Algoritmo Smith-Waterman

Por Germán González El algoritmo Smith-Waterman es un famoso algoritmo para realizar alineamientos locales de secuencias; esto es, determinar regiones similares entre dos secuencias de nucleótidos o proteínas. El algoritmo fue propuesto por Temple Smith y Michael Waterman en 1981. Como el algoritmo Needleman-Wunsch, del cual es una variación, Smith-Waterman es un algoritmo de programación dinámica. Como tal, […]

Folding@Home

Por Germán González Folding@Home (FAH) es un proyecto de la Universidad de Stanford que estudia el plegamiento proteico y las enfermedades relacionadas mediante métodos de computación distribuida. Con esto logra simular el plegamiento en un rango de 5-10 microsegundos, una escala mejor que las obtenidas con anterioridad. A diferencia de otros proyectos de computación distribuida, Folding@home es […]

Algoritmo BLAST

Por Germán González El algoritmo y el programa de computadora que lo implementa fueron desarrollados por: Stephen Altschul, Warren Gish, David Lipman en el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI, por sus siglas en inglés), Webb Millar en la Universidad estatal de Pennsylvania, y Gene Myers en la Universidad de Arizona. Existen implementaciones alternativas comoWU-BLAST y FSA-BLAST. El […]

Algoritmo Needleman-Wunsch

Por Germán González El algoritmo Needleman-Wunsch realiza un alineamiento global de dos secuencias (aquí llamadas A y B). Es comúnmente usado en bioinformática para alinear secuencias de nucleótidos o proteínas. Fue propuesto en 1970 por Saul Needleman y Christian Wunsch en su paper A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence […]