Beca doctoral o posdoctoral en UBA

El Grupo de Bioinformática Estructural de la Universidad de Buenos Aires (UBA) ofrece una beca doctoral o posdoctoral en el tema Estudio de procesos de folding/binding en Proteínas Intrínsecamente Desestructuradas.

Las proteínas intrísecamente desestructuradas (IDPs por sus siglas en inglés) carecen deuna estructura 3D estable en solución y los mecanismos por los cuales realizan su función son proceso de intenso estudio. Se estima que al menos el 30% de las proteínas son IDPs o poseen una región desordenada de al menos 30 residuos y que frecuentemente estas regiones participan de procesos de unión a otras proteínas o al ADN. Las regiones desordenadas de las IDPs participan de procesoscelulares críticos (como regulación del ciclo celular) y su desregulación podría causar graves problemáticas de salud, como ser enfermedades neuredegenerativas, Parkinson y Alzheimer, o diversos tipos de cancer. (Tantos, Han, & Tompa, 2012) . Estas regiones desestructuradas podrían adquirir estructura secundaria estable al unirse a sus blancos, por lo que los estados de transición son una llavepara entender la relación estructura/función de este grupo de proteínas. (Turjanski, Gutkind, Best, &Hummer, 2008),3(Huang & Liu, 2009) (Sugase, Dyson, & Wright, 2007) (Wells et al., 2008). El estudio de IDPs es interesante por lo complejo del proceso de folding and binding desde un punto biofísico pero también para el desarrollo de drogas que puedan inhibir sus funciones.

Entre las IDPs se destacan los factores de transcripción que son fosforilados por proteínas kinasas y suelen plegarse al unirse al ADN y Cofactores de transcripción. En nuestro laboratorio trabajamos activamente en el desarrollo y aplicación de metodologias computacionales para estudiar la cadena de fosforilación de proteínas Kinasas y en particular las IDPs que son factores de trasncripción. Recientemente hemos desarrollado un potencial para estudiar por simulación las IDPs y lo hemos implementado en el paquete de simulación AMBER. Trabajamos con proteínas kinasas de la via de la MAPKs y con factores de trasncripción como CREB, p53, C-myb entre otros.

Objetivos: Poder desentrañar los mecanismos de folding/binding de IDPs a sus blancos fisiológicos y el rol de la fosforilación en este proceso. Asimismo se trabajará en el diseño de drogas para IDPs. Se utilizarán técnicas de simulación computacional por métodos de dinámica molecular, con campos de fuerza transferible all-atom y métodos de muestreo avanzado y también campos de fuerza Coarse Grain para obtener dinámicas de equilibrio y poder acceder a visualizar la cinética de estos procesos. Trabajo en colaboración con otros becarios que realizan experimentos biofísicos para caracterizar estas proteínas.

Lugar de trabajo: Grupo de Bioinformática Estructural, Departamento de Química Biológica, FCEyN-UBA.

Contacto: Dr. Adrián Turjanski, aturjans@gmail.com

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